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O valor arrecadado com o concurso da Mega-Sena não é totalmente revertido em prêmio para o ganhador. Parte do montante é repassada ao governo federal para investimentos nas áreas de saúde, educação, segurança, cultura e esporte.
Além disso, há despesas de custeio do concurso, Imposto de Renda e outros, que fazem com que o prêmio bruto corresponda a 46% da arrecadação.
Os prêmios prescrevem 90 dias após a data do sorteio. Depois desse prazo, os valores são repassados ao Tesouro Nacional para aplicação no Fundo de Financiamento ao Estudante do Ensino Superior.